Aun así, se cursó un pedido de veinte aviones de serie a Junkers-Fokker Werke, que luego se redujeron a diez aviones.
A partir de ese momento, la Idflieg se centró en la utilización del J9 para misiones navales.
La posterior utilización del J9 como avión de caza continuó investigándose con la instalación de otro motor, el Benz Bz IIIb, pero incluso así, no mostró mejores resultados.
La inicial utilización militar del J9 comenzó cuando el teniente de la Kriegmarine Sachsenberg, comandante del Marine Jagdgruppe Flandern solicitó a la Idflieg doce aviones Junkers J9 para su unidad de combate.
El pedido inicial de diez aviones J9 se terminó entre agosto y septiembre de 1918; pero, dichos aviones parece no haber aparecido en Flandes.