Fue llamada así ya que antiguamente la calle Alfonso Reyes, que está casi enfrente de la estación, llevaba el nombre de Juanacatlán, una localidad en el centro del estado de Jalisco.

El nombre de este municipio proviene del vocablo náhuatl Xonacatlán, que significa "lugar de cebollas".

Sin embargo, otras versiones lo describen como "lugar de mariposas" por lo que su logotipo representa a este insecto.

Juanacatlán fue la primera estación del sistema en inaugurarse para una ampliación de línea (en este caso el segundo tramo de la Línea 1 del metro).

Se espera que las obras de la segunda fase de remodelación (Observatorio-Salto del Agua) concluya durante el año 2024, para finalmente reabrir toda línea completamente remodelada.