En 1593 contrae matrimonio con el barón de Chantal, Christopher II, a quien da, durante los siete años siguientes, seis hijos, aunque dos de ellos murieron durante la infancia.

Además, atiende a enfermos pobres y se modera mucho en mortificaciones corporales: san Francisco de Sales no permite a su dirigida que olvide que está en el mundo, que tiene un padre anciano y, sobre todo, que es madre; con frecuencia le habla de la educación de sus hijos y modera su tendencia a ser demasiado estricta con ellos.

Madame de Chantal tiene desde joven una especial querencia por la vida contemplativa, así que, cuando, en 1607, san Francisco de Sales le expone su proyecto de fundar una nueva congregación, Juana lo acoge con gran alegría, dividiendo su corazón, ya que tiene una intensa vida familiar.

El primitivo carisma de la nueva orden es una gran novedad: debía servir de refugio a quienes no podían ingresar en otras congregaciones y las religiosas no debían vivir en clausura para poder consagrarse de la nueva familia religiosa debía ser el de visitar y asistir a los enfermos pobres en su domicilio, uniendo la vida activa a la vida contemplativa.

Pero la vida conventual de la nueva superiora es muy ajetreada: deja frecuentemente Annecy, tanto para fundar nuevos conventos en Lyon, Moulins, Grénoble y Bourges, como para cumplir con sus obligaciones de familia.

En 1628 se desata una epidemia que azota Francia, Saboya y Piamonte.

A estas desgracias se añade la sequedad espiritual que sufre, pero no abandona sus trabajos.

A su muerte la orden que fundara, cuenta con ochenta y seis conventos.