Juan de Zúñiga y Flores

[2]​ Tuvo varios cargos eclesiásticos y en ámbito de la corte.

[2]​ Por orden de Felipe II, visitó la Universidad de Salamanca en 1593 y, reunido en claustro, se aprobaron unos importantes estatutos para el centro, en igualdad a los de Diego Covarrubias, aprobados por el rey el año siguiente.

[2]​ Como miembro del consejo, presentó al rey un memorial que había redactado y acordado previamente con el marqués de Denia, que informaba de los nombramientos basados en el nepotismo de Pedro Portocarrero en el tribunal eclesiástico, haciendo caso omiso a las directrices del difunto Felipe II.

[4]​ Sobre los nombramientos, creía conveniente que el inquisidor general los consultara con el monarca y luego se comunicara al consejo los que le parecieran más convenientes, situándose así la actuación de la máxima autoridad del Santo Oficio bajo control.

[2]​ Según Llorente, en este periodo hubo 16 procesos, con unas 688 víctimas.