Durante su mandato en Sevilla encargó un informe sobre las cofradías penitentes, que según su entender carecían de la espiritualidad necesaria y practicaban comportamientos irreverentes incompatibles con su carácter religioso.

Quizás debido al espíritu severo de esta legislación, esta reforma no tuvo mucha aceptación, aunque sentó las bases para reflexionar sobre el espíritu en el que se celebraba la Semana Santa.

Apenas hay hechos destacables durante su mandato, bajo el cual se relajaron al brazo secular, y en consecuencia se quemaron en la hoguera 240 reos, y otros 96 en efigie.

Además, 1628 acusados fueron encontrados convictos de herejía y sometidos a penas menores.

Estas hipótesis se fundan en un par de retratos de época del cardenal Sandoval y Rojas, uno realizado por el discípulo del Greco, Luis Tristán; sin embargo, en ningún caso parece que el Cardenal Sandoval y Rojas usara lentes ni el corte de barba del retrato.