Juana García de Segovia[1]​[2]​[3]​ (n. Segovia, 1495)[3]​ era su madre, que se había casado a temprana edad a principios de 1509.

[1]​ Además tuvo un hermano menor[1]​[8]​ llamado Luis de Villegas[1]​[8]​ (n. ca.

[1]​[8]​ Villegas embarcó en la Armada Alemana[8]​ en el Reino de España,[8]​ en el año 1528,[8]​ junto al nuevo gobernador Ambrosio Alfinger[2]​[8]​ o bien Ambrose von Ehinger, un conquistador y explorador alemán que representaba a la rica familia Welser de la Ciudad Libre de Augsburgo que formaba parte del Sacro Imperio Romano Germánico.

Dicho acontecimiento dio paso a la creación de un feudo alemán en América, el que ellos mismos llamaron Klein-Venedig que no tenía fijado un límite meridional.

[13]​ La nueva villa tenía apenas unos 30 vecinos y muy poca actividad comercial.

[13]​ Al regresar la expedición, el 31 de mayo del mismo año, Alfinger falleció en Chitacomar del territorio de los chitareros, a consecuencia de un enfrentamiento con los amerindios, y Villegas con los pocos sobrevivientes regresaron a Coro a principios de junio del corriente.

[19]​ Al poco tiempo del nombramiento, hubo un desacato incurrido principalmente por el capitán Castrillo a los aborígenes pacíficos de la laguna, especialmente los de la región de Juruara que era el verdadero granero de Maracaibo,[20]​ y que provocaron que estos se rebelasen, debido a los excesos, agravios, atropellos[20]​ y desafueros[20]​ cometidos a los mismos.

Los soldados de Maracaibo permanecerían acantonados allí once años más, hasta despoblarla por completo.

Con el mayor éxito regresaron a Santa Ana de Coro en septiembre de 1544 con noventa y seis hombres y ciento diecisiete caballos para aumentar la población de la urbe[26]​ y defenderla contra los caquetíos alzados.

Mientras estaba allí armándose, llegó Juan Pérez de Tolosa, enviado por el rey como nuevo gobernador para reemplazar a los Welser.

Juan de Villegas resultó inocente por haberse opuesto a la violencia de Carvajal, mientras que este fue declarado culpable y ahorcado.

Durante trece años los Welser hicieran gestiones ante las cortes para recobrar sus antiguos privilegios, el Consejo de Indias dictaminó finalmente que los Welser habían perdido sus derechos por no haber cumplido las cláusulas de la Capitulación de Madrid que estipulaba que deberían fundar por su cuenta dos pueblos y tres fortalezas, y llevar para cada una de ellas unos 300 hombres, además de pagar al emperador que conservaba la soberanía del territorio, un quinto del oro, plata y piedras preciosas que se encontrasen.

Fundó finalmente la encomienda al servicio de la Corona de España en 1548 con el nombre San Juan Bautista de Carache —en el actual Estado Trujillo— en donde se construyó una iglesia dedicada al santo ya nombrado en el sitio del antiguo templo ancestral aborigen —la actual iglesia de San Juan Bautista fue erigida en las ruinas de la iglesia colonial— y fuera lugar sagrado donde adoraban sus dioses los cuicas.

Posteriormente, dicha población fue incendiada cinco años después por el tirano Lope de Aguirre y sus marañones del Perú, provocando que la urbe cambiara de lugar por tercera vez hacia el sitio conocido como Desembocadero de Barquisimeto —tercera Barquisimeto— donde confluyen los ríos Turbio y Claro, aunque por fuertes inundaciones sería movida por última vez —cuarta y actual Barquisimeto— una década después del fallecimiento del gobernador Villegas, en el año 1563.

[22]​ El conquistador Juan López de Villegas y Segovia se había unido en matrimonio en la ciudad de Santa Ana de Coro[8]​[37]​ en el año 1534[8]​[37]​ con Ana Pacheco[8]​[38]​ (Lerma, Castilla la Vieja, 1518 - El Tocuyo, después de 1571),[8]​[39]​ una hija del conquistador Francisco Pacheco[8]​[37]​ (n. Lerma, Castilla la Vieja, ca.

[8]​[37]​ Del enlcace entre Juan de Villegas y Ana Pacheco nacieron ocho[8]​[22]​[37]​ hijos, dos[8]​ varones y seis[8]​ mujeres en el orden de nacimiento[8]​ siguiente: En la puerta del obelisco en Barquisimeto se encuentra un escudo que se puede asociar a él,y también existió una plaza, en donde se exhibía hasta el año 2011 una estatua suya, y una parroquia que llevan su nombre.