[2] Al llegar a Venezuela, en Coro preside el juicio de residencia que investigó a Juan de Carvajal por el asesinato del alemán Felipe de Utre o bien Philipp von Hutten y por lo cual ordenara su ejecución el 16 de septiembre de 1546.
[3] En el mismo, en 1547,[4] organizó una expedición desde El Tocuyo,[1] liderada por su hermano Alonso Pérez de Tolosa, que recorrió los Andes desde la zona de la actual ciudad de Guanare hacia el sur, hasta encontrarse con el Río Apure, luego remontaron por los ríos Uribante, Quinimarí y Torbes, hasta llegar al que llamaron valle de las Ahuyamas, donde en el futuro se fundaría San Cristóbal.
Cuando llegan los españoles a lo que hoy es Táriba los indios le tienden una emboscada donde matan seis caballos y sale malherido Alonso Pérez, con otros de sus soldados.
Juan Pérez de Tolosa falleció en agosto de 1549 a raíz de una fiebre intensa cuando se dirigía a Coro.
Tras su muerte, Villegas pasó a ocupar su lugar como gobernador de la Provincia de Venezuela, tras ser nombrado por aquel antes de morir y que luego fuera confirmado su mandato por la Real Audiencia de Santo Domingo.