Más tarde se formó musicalmente en Zaragoza, donde estudió órgano con Joaquín Ignacio de Nebra en La Seo y composición con el maestro Luis Serra en El Pilar.

[1]​[3]​[4]​ Hacia 1760 se trasladó a Madrid para ocupar el magisterio del Real Oratorio de San Felipe Neri.

Durante su tiempo en la Capilla Real fue ascendiendo, pasando a tercer organista en 1775 tras el fallecimiento de José Moreno Polo; posteriormente a organista segundo en 1787 tras morir Miguel Rabaza.

Raimundo se dedicó a la carrera militar y participó en la independencia de Chile.

Juan de Sesé y Balaguer se casó por segunda vez con María Antonia de la Hera o Lera, con la que tuvo una hija, Manuela.