Fundó con otros la Sociedad Filantrópica del Guayas para que los socios se socorrieran mutuamente, mejoraran la instrucción y perfeccionaran los conocimientos artesanales.

Tomás Martínez dejó el comercio por la educación, fundó en Daule una escuela que pronto se volvió famosa.

En 1902, como vicerrector regentó el Colegio Vicente Rocafuerte; en ese año contrajo matrimonio con Francisca Torres Lascano.

El presidente constitucional Isidro Ayora lo nombró ministro de Hacienda, pero Martínez renunció a los seis meses , porque no se había cumplido un ofrecimiento importante para Guayaquil.

No retornó al servicio de la política aunque siguió militando en el Partido Liberal.

Hoy, la segunda acusación ha sido desvirtuada: la política internacional de Martínez Mera fue prudente.

Apenas apareció en ella, hubo una silbatina que la Policía quiso reprimir pero el presidente no lo permitió.

[2]​ "Al iniciarse su administración", dice el embajador Francisco Guarderas, "la derrota sufrida por el bonifacismo (los conservadores) me colocó en las filas de la resistencia.

La severa personalidad de Martínez Mera contribuía a volverlo impopular ante el pueblo y el Congreso.

Seis años más tarde , Colombia las canjeó con el Perú a cambio de un corredor que le daba salida al Amazonas.

Diez años más tarde, en 1932, tropas peruanas ocuparon ese puerto fluvial de Leticia; estalló, en consecuencia una guerra entre Colombia y Perú.

El populismo que irrumpía en la política ecuatoriana creía llegado el momento de una alianza con Colombia.

Martínez Mera se negó por escrito a renunciar y refutó los argumentos esgrimidos.

Entonces el Congreso castigó con un voto de desconfianza al Gabinete por haberse solidarizado con el presidente.

Martínez formó un tercer Gabinete, el Congreso le extendió la desconfianza y la pugna continuó.

Concluyó su refutación así: "Ya os oigo decir que vuestra conciencia es la prueba de mi culpabilidad... ( ... ) ...

Solamente los senadores José Rafael Bustamante, Cristóbal Tobar Subía, Manuel T. Maldonado y Alberto Acosta Soberón, pese a que militaban en la oposición, no aprobaron el informe condenatorio del Senado en materia internacional.