Al regresar al Ecuador estuvo dedicado casi exclusivamente a las actividades agrícolas en sus haciendas, hasta que en 1927 fue llamado por el presidente Isidro Ayora para desempeñar el cargo de presidente del recién creado Banco Central del Ecuador.

[1]​ Fue candidato presidencial en las elecciones presidenciales de Ecuador de 1931, auspiciado por el Partido Conservador y la Compactación Obrera Nacional.

[2]​ Ganó las elecciones, pero no pudo asumir su mandato, ya que su elección fue descalificada por el Congreso Nacional al ser declarado "no apto para ejercer la Presidencia", por haberse atribuido la nacionalidad peruana en diferentes correspondencias.

Hubo un sangriento enfrentamiento con las tropas leales al Gobierno y en las calles de Quito los combates continuaron hasta el 1 de septiembre, provocando que el presidente encargado Alfredo Baquerizo Moreno se refugie en la embajada argentina y que el ministro de gobierno Carlos Freile Larrea asuma el gobierno.

Posteriormente, Bonifaz se dedicó a sus actividades privadas y se desempeñó de nuevo como presidente del Banco Central del Ecuador en 1939.