Además de haber visitado más de treinta países por motivos profesionales –entre ellos Irak, China, Pakistán y Sudán–, Zozaya dominaba las lenguas francesa, inglesa e italiana y manejaba con fluidez el alemán, árabe, catalán, portugués y sueco.
En el ámbito de los museos, Juan Zozaya desarrolló gran parte de su carrera profesional en tres centros museísticos españoles.
Así, entre 1969 y 1972 fue director del Museo Provincial de Soria –hoy Museo Numantino de Soria–, nacido durante su dirección como resultado de la fusión del Museo Numantino y del Museo Celtibérico; fue conservador de la sección de Arqueología Medieval y Artes Suntuarias del Museo Arqueológico Nacional entre 1972 y 1986 y subdirector de esta institución desde 1986 hasta 1999, cuando asumió el cargo de subdirector del Museo de América hasta su jubilación en el año 2004.
[4] Juan Zozaya defendió posiciones críticas cercanas a la Nueva Museología y evidenció su carácter humanista al defender la importancia de fomentar el papel de los museos «para la transformación de una juventud muchas veces desarraigada o con poco estímulo en un germen positivo de la sociedad, enriquecido intelectualmente al menos con inquietud por cosas que se salen de lo usual».
[5] Asimismo, Zozaya apostó por la democratización y apertura social de las instituciones museísticas, defendiéndolas como instrumentos de progreso a través de programas diseñados específicamente para colectivos susceptibles de discriminación –como la tercera edad– o que precisasen de «elementos de rehabilitación social»,[5] aspectos que la museología contemporánea define con los términos de participación, inclusión y mediación cultural y que conforman la definición del museo actual.