Juan era un miembro de la familia Kamateros, a la que pertenecía la emperatriz Eufrósine Ducaina Kamatera, esposa de Alejo III Ángelo (1195-1203).
Un hombre educado, bien versado en la literatura clásica, la retórica y la filosofía, ocupó una serie de puestos eclesiásticos que alcanzaron el cargo de cartofilax, que ocupó en el momento de su ascenso al trono patriarcal.
Juan permaneció en el cargo después de la deposición de Alejo III en julio de 1203, y según fuentes occidentales, tanto él como Alejo IV Ángelo, amenazados por la Cuarta Cruzada, reconocieron la supremacía papal en el mismo año.
En 1206, Teodoro I Láscaris lo invitó a Nicea, donde había establecido el Imperio de Nicea, un estado sucesor griego bizantino, pero Juan se negó, quizás debido a su avanzada edad, y murió en abril o mayo del mismo año.
[4] Los cruzados luego establecieron un patriarca latino en Constantinopla, mientras que Teodoro simplemente creó un nuevo patriarcado griego en Nicea, que finalmente fue restaurado en Constantinopla con el resto del imperio en 1261.