Entre 1968 y 1969 se desempeña como secretario permanente del Consejo Supremo de Defensa Nacional.
Para ello durante su gobierno se elaboró la "Constitución Política del Estado - Gobierno Revolucionario - República de Bolivia - 1971"[5] La administración Nixon calificó a Torres como “ultra-nacionalista, izquierdista y anti-estadounidense”.
A través de la aplicación de la política del palo y la zanahoria pretendieron moderarlo, haciéndole saber que no eran “automáticamente su enemigo”, y que si se comportaba “relativamente razonable” podrían “establecer un modus vivendi sensato”.
Estados Unidos también ha intervenido para apoyar a la oposición boliviana, formada por un sector de las fuerzas armadas, la oligarquía agroindustrial cruceña, el MNR (Movimiento Nacionalista Revolucionario) y el FSB (Falange Socialista Boliviana).
Finalmente la familia, acorralada entre las presiones del gobierno argentino y boliviano, decidió trasladar los restos del presidente Torres a México, donde descansaron por 7 años para retornar finalmente a suelo boliviano.
En 1983 los restos de Torres fueron repatriados a Bolivia desde México, donde fueron recibidos temporalmente por apoyo y decisión del Presidente Luis Echeverría Álvarez, por iniciativa de la Central Obrera Boliviana y varias organizaciones populares, y la disposición del gobierno de Hernán Siles Suazo (1982 – 1985).
Actualmente el cuerpo del General Juan José Torres descansa en el Monumento a la Revolución Nacional (ubicado en la Plaza Villarroel - Campo de Marte de las Fuerzas Armadas), junto a los presidentes mártires Germán Busch y Gualberto Villarroel.