Era el quinto hijo, pero el tercero en llegar a la edad adulta, del Duque Guillermo de Sajonia-Weimar y Leonor Dorotea de Anhalt-Dessau.

Después de la muerte de su padre (1662), su hermano mayor Juan Ernesto II heredó Weimar, y su segundo hermano Adolfo Guillermo recibió Eisenach.

Juan Jorge recibió un cierto ingreso del nuevo ducado de Sajonia-Eisenach y tomó como su residencia la pequeña ciudad de Marksuhl.

Su quinto hijo, aunque único sobreviviente, Guillermo Augusto, nació ocho días después de la muerte de su padre y se convirtió en duque desde el momento de su nacimiento; Juan Jorge se convirtió entonces en regente del ducado y también custodio del nuevo duque.

Juan Jorge fue confirmado en sus posesiones de Eisenach y tomó algunas ciudades, y su hermano menor, Bernardo, heredó Jena.