No siempre se citaron sus dos nombres de pila ni los apellidos completos, lo que ha dado lugar a confundirlo con su padre Juan Gómez de Navas, con su tío y con su abuelo.

Presenta un tema mitológico habitual en el género, y también se conocen algunas partes sueltas atribuidas a este compositor.

La comedia desarrolla un tema mitológico, basado en el conocido poema La Eneida, de Virgilio.

Utiliza recursos formales habituales en el género, como estrofas con estribillo, los tonos, coros y recitados.

La partitura anónima completa se conserva en la Biblioteca Nacional de Madrid.

En colaboración con Sebastián Durón, Juan Francisco Gómez de Navas compuso la famosa zarzuela Apolo y Dafne, escrita en tres actos.