Hijo del marino mercante estadounidense Juan Fanning y de Micaela García.

En 1853 se casó con Teresa González del Real, natural de Nepeña, con quien tuvo dos hijos, Jorge y Emma, quienes murieron a temprana edad.

En 1865 se sumó a la revolución restauradora acaudillada por el coronel Mariano Ignacio Prado contra el gobierno del general Juan Antonio Pezet.

El mismo Fanning resultó gravemente herido por un disparo que recibió en la parte superior del vientre., siendo trasladado penosamente hasta su hogar en Lima.

Fue examinado por el doctor Ricardo L. Flores, destacado médico y cirujano, quien certificó que su herida era de pronóstico mortal.