Es hijo del exgobernador de Puerto Rico Rafael Hernández Colón y la ex primera dama Lila Mayoral.
Tiene tres hermanos: Rafael, José Alfredo y Dora Mercedes.
[1] Hernández Mayoral obtuvo su bachilerato en comunicaciones de la Universidad del Sagrado Corazón en 1992.
En las elecciones generales de 2004, Juan Eugenio fue elegido senador por acumulación.
Además, ha asistido en siete ocasiones consecutivas a la Convención Nacional Demócrata.