En 1811 se une a las fuerzas militares novohispanas contra el movimiento independentista liderado por Juan Bautista de las Casas,[3]​ conocido como la Revuelta de Casas donde organizó la defensa del presidio contra los piratas, bandoleros e indios expulsados del territorio de los EE. UU.

No se apegó a los indultos concedidos por el gobierno virreinal pero en 1818 fue exonerado, lo que le permitió ser nombrado presidente municipal de San Antonio, recuperó sus propiedades solo con la independencia de México en 1821.

Durante la guerra sus propiedades fueron saqueadas por las tropas mexicanas, pero también lo fueron por inmigrantes anglosajones quienes lo hostigaban por no participar y firmar los documentos que dieron nacimiento a la Guerra Texana ni a la República de Texas, como si lo hizo Lorenzo de Zavala.

Además en el mismo año Thomas Jefferson Green le acusa de colaborar con México, en los movimientos armados que hacía el Ejército del Norte mexicano comandado por Rafael Vásquez y Adrián Woll para regresar a Texas a la federación mexicana, quitándosela a los inmigrantes anglosajones.

[7]​[8]​ Las acusaciones no fueron probadas y en 1848, su hijo volvió al rancho paterno, después de servir en el ejército mexicano durante la guerra intervención estadounidense.