Magee sirvió como oficial de artillería, bajo el mando del mayor general James Wilkinson en Baton Rouge, Luisiana , y luego en Fort Jesup bajo el futuro presidente Zacary Taylor.
En el terreno neutral disputado con España, entre el Arroyo Hondo y el Río Sabine tuvo un trato duro con los colonos estadounidenses.
El 10 de agosto se unió a Magee el general Gutiérrez; el 16, la fuerza entró en Nacogdoches.
El ejército, ahora aumentado a unos 300 soldados, ocupó Santísima Trinidad de Salcedo (ahora Trinidad, Texas) en el río Trinity , a mediados de septiembre.
Aunque estaba muy enfermo, Magee permaneció en el mando militar nominal.