La segunda le declara, en cambio, hijo del propio Papa Alejandro VI[1] y dice: «Dado que conllevas esta deficiencia no por parte del nombrado duque, sino por mi parte y la de la mencionada mujer, y por esta razón no deseamos expresarlo en la anterior escritura».
El Papa tenía prohibido por derecho canónico reconocer públicamente la paternidad y no deseó que su hijo pudiera sufrir consecuencias en su herencia.
[2][3] Precisamente, el mismo día se prepararon las últimas gestiones para la boda entre Lucrecia y Alfonso d'Este, duque de Ferrara.
Sin embargo, al poco de la muerte de Alejandro VI, Juan fue a vivir con Lucrecia a Ferrara, donde se le reconoció como hermanastro.
Dejó una hija natural, Lucrecia, que casada con Ceriaco Mattei fue bisabuela del papa Inocencio X. Hella S. Haasse escribió una novela histórica acerca de la figura de Juan Borgia, De scharlaken stad (1952), publicada en español como La ciudad escarlata.