En 1616 ingresó al Noviciado de los jesuitas en Malinas y en 1618 hizo los votos de castidad, pobreza y obediencia.
El general Mucio Vitelleschi lo envió al Colegio Romano para que terminara su noviciado.
Allí hizo un voto para defender la doctrina de la Inmaculada Concepción.
Beatificado por Pío IX en 1865 y canonizado por el papa León XIII en 1888, el mismo día que San Alonso Rodríguez, San Pedro Claver y los siete fundadores de los Siervos de María.
Juan Berchmans constituye, junto con Estanislao Kostka (1550-1568) y Luis Gonzaga (1568-1591), un trío de jóvenes considerados santos por la Iglesia católica que ejerció influencia en la espiritualidad jesuítica juvenil.