Tan fulgurantes pastorales fueron tenidas en cuenta por los franceses a su paso por la Sierra de Gata.
Una vez pasado el peligro inminente el Obispo de Tuy regresó a su obispado y Juan Álvarez a su casa-palacio de Hoyos.
Era la quinta vez que las tropas invasoras francesas hacían entrada en la Villa de Hoyos.
Localizada la casa-palacio del Obispo entraron en ella, asesinaron a los que no pudieron huir, despojaron al Obispo de su prendas, hicieron burla del Pectoral y dispararon al anciano, la primera vez en los genitales y la segunda en la boca, acabando con su vida.
El Obispo fue enterrado a escondidas esa misma noche en la Iglesia del Buen Varón de Hoyos, sin que haya constancia del lugar exacto.