No hay documentación alguna sobre los primeros tiempos de construcción del nuevo templo, los datos más antiguos se fechan en el año 1563.
Posiblemente intervinieran, en una primera fase de los trabajos de Hoyos, los mismos maestros que actuaron en Gata y Acebo, que comenzaron los trabajos en los años finales del siglo XV o inicios del XVI.
La tercera fase constructiva correspondería al segundo tramo de la nave, prácticamente concluido antes del año 1563, también sin testimonios manuscritos.
Probablemente en el año 1563, la tribuna coral, en la que también pudo actuar Pedro de Ybarra, sin datos documentales al respecto, estaba ya concluida.
Dichas intervenciones no afectaron a la imagen ni valores histórico-artísticos y patrimoniales del templo.
La planta, orientada de este a oeste, es rectangular, el ábside más estrecho y con testero plano.
Por el lado de la epístola, junto al presbiterio, se dispone la sacristía; a los pies del templo la airosa y esbelta torre, en la esquina noroeste.
La nave se construyó después de la cabecera y es más ancha que la capilla mayor.
Todo ello indica una cronología bastante más antigua para la zona inferior del paramento de poniente.
En este lugar se observan reaprovechadas varias aras e inscripciones romanas; otras dos piedras llevan grabadas unas crucetas, situadas una a cada lado del vano de acceso.
Ésta abre en arco de medio punto, decorado con arquivoltas, que apoyan en jambas columnarias ornadas con pometeados y espigas.
Esta puerta estuvo cobijada bajo un tejaroz de madera, del que quedan como testigo varias ménsulas.
La portada del lado norte, conocida como puerta de San Pedro, abre en arco apuntado gótico con tres arquivoltas, que se encuadra en un quebrado alfiz.
Está levantada con excelentes piezas de sillería, sobre un alto podio, al que separa un curvilíneo bocel y remata en una cornisa con sus correspondientes gárgolas.
Ésta presenta estructura helicoidal y carece de núcleo central, del tipo San Gil.
El interior del templo es de bastante amplitud, ordenado en una sola nave, a la que se añade la capilla mayor.
La capilla mayor, de planta cuadrada, se decora con una sencilla imposta que recorre los muros.
Nueve claves se disponen en la bóveda, cinco contienen inscripciones latinas y el resto porta símbolos vegetales.
Junto al presbiterio, se observa un vano cegado, coincidente con la amplia hornacina existente en el interior de la sacristía.
Elevado a los pies del templo, se dispone un amplio coro, renacentista, construido con excelente piedra de cantería.
Los arcos portan bellas molduras clasicistas mientras que las columnas se prolongan en pilastras decoradas con casetos avenerados, culminados por la jarra de azucenas, alusiva a la Virgen.
La calle central aloja la custodia-manifestador, diseñada a modo de baldaquino, apoyada en cuatro columnas salomónicas.
Son efigies de buena talla y excelente policromía, que se datan en el siglo XVIII.
Dos columnas salomónicas enmarcan una hornacina central de medio punto, que remata un ático curvo, coronado por un broche vegetal.
Preside el nicho central, una escultura de madera policromada del siglo XVII, que representa a un santo con roquete y libro en la mano, desconociéndose su identificación.
Igualmente, se organiza en banco, un cuerpo con dos columnas salomónicas flaqueando un medio punto central; remata en ático curvo, con medallón que alberga una imagen pictórica, probablemente de San Francisco Javier.
Sobre un banco, se levantan dos columnas salomónicas centrales y otras dos pilastras hacia el exterior; es de un solo cuerpo, organizado en tres calles, en la central un medio punto con las enjutas decoradas con querubines; preside una imagen de San Lorenzo del siglo XVII.
En el muro de la Epístola, un retablo dedicado a San Lino papa, cuya imagen lo preside.
Sabemos por las fuentes documentales que los paramentos del templo acogían varios retablos más, en la actualidad desaparecidos.
La iglesia tuvo órgano del siglo XVI, mencionado en diversos documentos, pero en la actualidad está desaparecido.