A la muerte de su padre pasó a ser el IV conde de Vía Manuel y XII Señor de Cheles.
La hermana del IV conde de Vía Manuel María Dolores, contrajo nupcias con Luis Fernández de Córdoba y Sánchez Argote, hijo y heredero frustrado del IV conde de Torres Cabrera.
El conde José desempeñó en el ejército el cargo de Maestre de Campo en Madrid, cargo que equivale a lo que hoy en día es el jefe de Estado Mayor de la Defensa y que en la jerarquía militar va inmediatamente después del rey.
En 1787 fallecía la condesa Consorte de Vía Manuel Teresa Fernández de Córdoba, casando ese mismo año en segundas nupcias José Manuel de Villena con Paula de Quiñones y Lorenzana, hija del marqués de Quiñones.
En 1798 fallecía en Madrid José Manuel de Villena y Mendoza a los 46 años de edad, heredando sus posesiones su hijo José.