Al fallecer su padre en 1754, le sucedió en el condado de Vía Manuel[1] y en el señorío de Cheles.
Cuando falleció su madre en 1760, José Cristóbal simplemente pasó a ser el propietario de las tierras del marquesado de Valdesevilla sin más, sin denominarse así mismo como marqués y sin que la corona expidiera real carta de sucesión alguna, quedando el título de marqués de Valdesevilla inutilizado hasta que en 1920 fuera rehabilitado nuevamente por un descendiente de la Casa de Manuel de Villena, concretamente Alfonso Pardo-Manuel de Villena e Inchausti, como cuarto marqués de Valdesevilla.
El conde estudió en el seminario de nobles de Madrid, donde se ganó la confianza del rey de España siendo nombrado por Carlos III corregidor de Madrid (alcalde).
Tras la muerte del donde de Vía Manuel José Cristóbal, su hijo José Manuel de Villena y Mendoza tomó la jefatura de la Casa de Manuel de Villena junto a todos los títulos asociados a este linaje.
El matrimonio de José Cristóbal con María de la Paz dio siete hijos: De su segundo matrimonio con Francisca Paula de Guadalfajara y Aguilera nacieron: