Juan Manuel de Villena y Flórez fue el único hijo varón de los siete hijos del conde de Vía Manuel.
Nacido en Cheles, Badajoz, a la muerte de su padre en el año 1700 heredó sus pertenencias pasando a ser el II conde de Vía Manuel y el X señor de Cheles.
Discrepancias surgidas por aquel entonces entre los Manuel de Villena y algunas personalidades cercanas a la Corona hicieron que el título quedara inutilizado, ya que se negaron a costear los gastos de sucesión.
No se expidió real carta de sucesión hasta que el XIV marqués de Rafal Alfonso Pardo-Manuel de Villena e Inchausti lo rehabilitara a su favor en 1920.
El matrimonio de Juan Manuel de Villena y Flórez con Juana de Figueroa y Córdoba-Lasso de la Vega, dio dos hijos: En 1754 falleció el II conde de Vía Manuel Juan Manuel de Villena, heredando la titularidad de sus feudos su hijo José Cristóbal Manuel de Villena Portocarrero y Figueroa.