[1] Hijo de un próspero comerciante escocés asentado en Cádiz y el Campo de Gibraltar, hermano del diplomático Guillermo Macpherson y de la escritora Catalina Macpherson, esposa del industrial Diego Fernández Montañés.
[2][3] José adquirió su afición a la geología de su hermano Guillermo Macpherson, quince años mayor que él, durante excursiones geológicas y antropológicas.
[4] Domingo de Orueta y Aguirre (1833-1895), padre del geólogo Domingo Orueta y Duarte y personaje de talante liberal y gran aficionado a la geología, inició a José Macpherson y a su hermano en el conocimiento geológico de la serranía de Ronda.
José Macpherson nunca estudió una carrera universitaria lo que «contribuyó poderosamente a fortalecer la nativa independencia de su espíritu» (Calderón, 1902).
Ayudado por la boyante economía familiar, fue haciéndose un currículo a su gusto.