Cuando la guerra parecía inevitable, el gobierno decidió que Estigarribia era el hombre más capacitado para dirigir al ejército paraguayo.Dirigió las operaciones militares desde muy cerca del frente para agilizar la toma de decisiones y dejó en libertad a sus oficiales para que realizaran las operaciones tácticas que el momento y lugar lo requirieran.Su mayor logro estratégico fue conducir la guerra en el desierto chaqueño como si se tratara de una batalla naval.Fue apresado días después y tras seis meses de reclusión, juntamente con el Dr. Eusebio Ayala, fue enviado al destierro.En mayo de ese año parte como enviado extraordinario a los Estados Unidos.Casi enseguida se produce la renuncia de 29 profesores, solidarios con el Consejo Superior Universitario.El 16 de febrero se produce la autodisolución del Parlamento para dejar las manos libres al primer magistrado.Sin embargo, su prematura muerte interrumpió su agenda política y dejó un vacío en la dirección del país.Estigarribia fue sucedido por Higinio Morínigo y póstumamente ascendido al rango de mariscal.
Reunión en Puesto Merino de los comandantes en jefe de ambos ejércitos después del armisticio, 18 de julio de 1935).
