Durante su mandato se desarrolló una amarga división dentro del ADN (Acción Democrática Nacionalista) entre Banzer y Quiroga.
Se lanzó como candidato a las Elecciones Generales de 2005, conformando una Agrupación Ciudadana denominada PODEMOS (eran los segundos comicios en Bolivia donde este tipo de grupos podían participar, además de los partidos políticos) e incluyendo algunos afiliados del partido político que le catapultó a la esfera política Acción Democrática Nacionalista.
Había elegido como compañera de fórmula a María René Duchén, una reconocida periodista.
Las encuestas le dieron antes de las elecciones un reñido segundo lugar con su principal rival Evo Morales, pero los resultados finales dieron como ganador a este último por mayoría absoluta, por lo tanto sin necesidad de recurrir al Congreso.
Cabe destacar que para el proceso electoral del 2005 se hizo añadir oficialmente el apodo "Tuto" (con el que era conocido en la vida política del país) a su nombre para poder aparecer como "Tuto Quiroga" en la papeleta de sufragio.
Fue candidato a la presidencia del Bolivia, invitado por el Partido Demócrata Cristiano (PDC) acompañado por Tomasa Yarhui Jacomé, abogada y exministra de Asuntos Campesinos.
Indicó en su anuncio de retiro que deseaba evitar una victoria contundente de Luis Arce, del partido Movimiento al Socialismo, en la primera vuelta electoral, consolidando a la derecha en torno a Carlos Mesa.