Su nombre bautismal completo fue Joaquín José María Nazario Juan Nepomuceno Rubio y Muñoz.
Sin embargo rara vez utilizó los dos apellidos tradicionalmente usados en España, sino que prefirió la forma más simple de su nombre, Joaquín Rubio (en algunas fuentes aparece referido como Joaquín María Rubio).
Se casó en 1823, en la iglesia de San Lorenzo en Cádiz, con María Dolores Bosichy Pitaluga.
Quince cartas escritas a Joaquín por el escritor liberal, intelectual y crítico Bartolomé José Gallardo, tratando sobre varios asuntos literarios, están ahora en la biblioteca de la Real Academia Española de la Historia y fueron publicados en un libro sobre Gallardo por Pedro Sáinz Rodríguez en 1986.
Nada indicaba que alguno de sus hijos, ambos casados por aquella época, compartiera su pasión por las monedas.
En 1858 cumplió los 70 años, y escribió su testamento, en el que explicaba que había legado iguales y sustanciales sumas de dinero a sus dos hijos en el momento de sus casamientos.
Una de sus nietas nació el mismo año de 1858 (él ya tenía un nieto) y debió darse cuenta de que sería realmente importante encontrar, en vida, una ubicación permanente y segura para su colección (no sabía que viviría otros dieciséis años más).