[2] Entre sus escritos se cuentan Castigatio eorum quae adversus Roberti Bellarmini Controversias scripsit Lambertus Danaeus Calvinista (Ingolstadt, 1605) y Apologia pro R. P. Henrico Garneto anglo (Colonia, 1610), que es una obra dirigida contra el escrito Relation of the proceedings against Henry Garnet a Jesuite and his confederates, the Traitors in the Gunpowder (Londres, 1606), en el que acusaba a los jesuitas de ser autores o fautores de la conspiración de la pólvora.
Isaac Casaubon en su epístola ad Frontonem Ducaeum (Londres, 1611) y Robert Abbot en su Antilogia adversus Apologiam Andreae Eudamon-Joannis jesuitae pro Henrico Garneto jesuita proditore rebatieron a Eudaemon-Joannes.
En especial, defendió al confesor del rey, Pierre Coton, en su Confutatio Anticotoni Qua respondetur calumniis, ex occasione caedis Christianissimi regis Franciae, et sententiae Marianae, ab anomymo quodam in P. Cottonem et socio ejus congestis (Maguncia, 1611) y la Epistola ad amicum Gallum super dissertatione politica Leidhresseri (Colonia, 1613).
La carta iba dirigida contra la Dissertatio super doctrinae Capitibus inter Academicum Parisiensem et Jesuitam controversias (Fráncfort, 1613).
También se imputó a Eudaemon-Joannes De justa reipublicae Christianae in reges impios et Haereticos authoritate: justissimaque catholicorum ad Henricum Navarraeum et quemcumque haereticum a regno Galliae repellendum confoederatione liber.