Baillet recibió una esmerada educación en el seminario teológico y fue nombrado posteriormente profesor en el colegio de Beauvais.

Lector insaciable, adquiere un vasto saber mientras elaboraba un catálogo razonado en 32 folios de su biblioteca.

Su Jugement des savants generó un gran revuelo por ser demasiado favorable a las tesis jansenistas.

Sus problemas con los bolandistas tomaron un giro aún más serio cuando se permitió poner en duda los dogmas (aún no proclamados por el Papa de la época) de la Inmaculada Concepción y de la Asunción en un libro titulado Dévotion à la Vierge, el cual fue rápidamente incluido en el Index librorum prohibitorum.

Gran parte de su Vies des saints corrió la misma suerte, porque eliminó todos los milagros que no le parecían verdaderos y se acercó peligrosamente a las doctrinas reformistas.