Es particularmente conocido por haber sido el modernizador de la red ferroviaria de cercanías española, así como por haber ideado la llamada Solución Bustinduy.
Ingeniero por la Universidad Politécnica de Madrid (1973) con doble especialidad cum laude en Transportes, Puertos y Urbanismo y Cimientos y Estructuras, Javier Bustinduy fue uno de los primeros españoles en graduarse por el Massachusetts Institute of Technology, obteniendo el Master of Science in Civil Engineering, (Transportation) en 1976.
Ideó y ejecutó la reestructuración interna de RENFE para crear una división con capacidad para planificar y gestionar conjuntamente las distintas redes de Cercanías creadas en España, pasando a gestionar 12 redes (Madrid, Barcelona, Bilbao, Sevilla, Valencia, Murcia, Alicante, Asturias, San Sebastián, Santander, Cádiz y Málaga), con 40 líneas de viajeros, y 500 estaciones.
En 1992 fundó BB&J Consult, S.A.,[4] empresa consultora independiente de Ingeniería de transportes dedicada a la redacción de planes, estudios y proyectos, y gestión de sistemas de transporte con experiencia en más de 35 países de América (Argentina, Bolivia, Brasil, Chile, Colombia, Guatemala, México, R. Dominicana, U.S.A., Venezuela), Asia (China, Corea del Sur, Irak), África (Egipto, Libia, Marruecos, Túnez), Australia y Europa (España, Portugal, Francia, Italia, Alemania, Reino Unido, Irlanda, Bélgica, Holanda, Noruega, Dinamarca, Suecia...).
Javier Bustinduy fue director de más de 300 estudios y proyectos nacionales e internacionales en el sector del transporte urbano e interurbano, especialmente en el sector ferroviario.