En 1964 fue candidato del PAN a senador por el Distrito Federal en primera fórmula, pero en esta ocasión no logró ser elegido al recibido 373 557 votos, frente a 858 747 de su opositor del PRI, Luis González Aparicio.

En 1967 fue candidato a diputado por el Distrito 9 del Distrito Federal, logrando la victoria con 20 660 votos, con la paradoja que la suplencia fue otorgada a la candidata del PRI Aurora Fernández Fernández con 36 927 votos.

Estando en este cargo tuvieron lugar las controvertidas elecciones de 1992 en que se enfrentaron por la gubernatura el candidato del PRI Eduardo Villaseñor Peña y el del Partido de la Revolución Democrática (PRD), Cristóbal Arias Solís.

El Congreso debía declarar al gobernador electo, por lo que requería de quorum legal para ello.

El PAN había ordenado a sus tres diputados no asistir para que no pudiera celebrarse, pero Javier Blanco Sánchez asistió y votó a favor de Villaseñor que de esta manera logró ser declarado gobernador electo; debido a ello, en 1993 fue formalmente expulsado del PAN.