En 1884, la Real Academia de Medicina premiaba su Memoria sobre el parasitismo bacteriano y el municipio barcelonés le enviaba a Marsella para que estudiara la amenazadora epidemia de cólera.
A pesar del éxito obtenido, se desata la polémica; prevalece el criterio de quienes opinan que es peligroso el método ferraniano, y el Gobierno prohíbe la vacunación.
Comisiones científicas acuden de todas partes a examinar el controvertido hallazgo.
Su memoria, publicada en Valencia en 1886, sería vertida al francés en 1893, con el título: L'inoculation préventive contre le choléra morbo asiatique.
Más tarde, al frente del Instituto Municipal de Higiene de Barcelona, desarrolló Ferrán una eficaz labor sanitaria.