[1] La junta de gobierno está constituida por un presidente, un vicepresidente, un secretario, un tesorero, seis vocales.
[1] La Sociedad ha establecido diferentes grupos especializados en temas específicos: Biodeterioro, Biodegradación y Biorremediación, Hongos Filamentosos y Levaduras, Biología de los microorganismos patógenos, Microbiología de los Alimentos, Microbiología del Medio Acuático, Microbiología Industrial y Biotecnología Microbiana, Microbiología Molecular, Microbiología de Plantas, Protistología, Taxonomía, Filogenia y Biodiversidad, Docencia y Difusión de la Microbiología.
La Sociedad publica periódicamente la revista científica International Microbiology (ISSN 1139-6709), de carácter trimestral,[2] y el boletín informativo SEM@foro (ISSN 2254-4399), de carácter semestral.
[3] De 1947 a 1986 la revista científica se denominó Microbiología Española (ISSN 0026-2595) y de 1985 a 1997 Microbiología SEM (ISSN 0213-4101).
Desde 1983, la sociedad otorga cada dos años los premios Jaime Ferrán por una trayectoria científica excelente a miembros menores de cuarenta años.