En 1611 Ordóñez fue enviado nuevamente a Ciudad de México para intentar lograr nuevos apoyos para las misiones, obteniendo nueve frailes para la misión Sandia Pueblo (agosto de 1612) y una supuesta concesión del cargo de Padre superior o cabeza de la iglesia en Nuevo México, que resultó ser falsa.

Las disputas de poder frente al gobernador Pedro de Peralta resultaron en acusaciones cruzadas y desplantes por las partes, como la pugna sobre si debía construirse primero la iglesia de Nambé Pueblo o el palacio del gobernador en Santa Fé.

En 1613 Ordóñez hizo valer su autoridad en la Inquisición novohispana para excomulgar por hereje, luterano y judío a Pedro de Peralta, acusándolo de no hacer guardar el Pentecostés a los soldados que recaudaban los tributos en la zona de Pueblo de Taos y por negarse a someterse a su autoridad.

Su carcelero fue fray Esteban de Perea, quien desaprobaba estos hechos pero obedecía a su superior.

Tras varias negociaciones, fue relevado por el gobernador interino Bernardino de Ceballos y Peralta fue puesto en libertad.