Tras acabar el bachillerato, decidió estudiar ingeniería industrial, para lo cual preparó el ingreso en la Escuela de Ingenieros entre 1918 y 1921.
En octubre de 1922 falleció su abuela Salustiana e Isidoro permaneció en Logroño para ayudar a su madre.
Su primer destino laboral fue en Matagorda, (Cádiz)[3] donde la Naval poseía una factoría que suministraba material a la Compañía de los Ferrocarriles Madrid-Zaragoza-Alicante.
En agosto de 1930 se encontró con Josemaría Escrivá en Madrid, que le habla del Opus Dei.
Allí no estuvo a gusto en el trabajo por la falta de proyectos y la mala relación con su jefe inmediato.
El 7 de junio de 1936, llegó a Madrid para estar con su madre y su hermana Chichina que vivían en la calle Serrano, y ayudar a Josemaría Escrivá en la Academia DYA, primera obra corporativa del Opus Dei situada en la calle Ferraz n.º 50.
El 13 de julio se mudaron a la calle Ferraz n.º 16 y pocos días después estalló la Guerra Civil.
En Madrid, Isidoro tuvo un papel destacado en la ayuda que prestó a Josemaría Escrivá.
Cuando Josemaría Escrivá inició el viaje que le condujo a la zona nacional, Isidoro se quedó en Madrid.
Al final la Guerra Civil, fue readmitido en la Compañía Nacional de los Ferrocarriles del Oeste.