Su producción musical en este ámbito hace que Celsa Alonso -estudiosa de la canción lírica española- haya considerado a Hernández un “compositor fundamental en el género cancionístico […] desde los años sesenta hasta su muerte en 1888”.
[1] En cuanto a sus abundantes composiciones para el teatro lírico, mayoritariamente concentradas en las décadas de los años 1870 y 1880, suelen ajustarse al modelo del teatro por horas, con partituras breves en las que abundan los números bailables o las intervenciones cantadas de estilo andaluz o americano.
Emilio Casares ha considerado que en su estilo como compositor lírico predomina un populismo de sabor andaluz y aflamencado.
El catálogo de títulos para los que preparó ediciones comerciales incluía a los más célebres maestros de la generación anterior como Francisco Asenjo Barbieri, Joaquín Gaztambide, Emilio Arrieta y Cristóbal Oudrid junto a algunos compositores más próximos en edad como Miguel Marqués, Ruperto Chapí o Federico Chueca.
[2] La carrera de Isidoro Hernández se truncó de forma inesperada en plena madurez, aunque según la voz que se le dedicó en la Enciclopedia Espasa murió en la más absoluta miseria.