Esta etapa duraría hasta el 9 de febrero de 2007, instancia en la que le fueron asignando y cancelando varios servicios correspondientes al antiguo sistema a medida que ingresaba más buses nuevos a su flota, la que estaba compuesta por vehículos con el estándar Transantiago y buses reacondicionados del sistema antiguo.

[7]​ En este período de operación se caracterizaba por ser del tipo periférico pasando por arterias urbanas como Teniente Cruz, Las Rejas, Departamental, General Velásquez, Los Leones, Pedro de Valdivia, Macul y Avenida La Florida.

Su deterioro económico se origina en 2012 tras el cambio de esquema del sistema Transantiago.

Ante esto la empresa fue recalificada en su situación de riesgo financiero a empresa en eventual default financiero por las clasificadoras estadounidenses Fitch Ratings y Moody’s, la cual se podría revertir tras los pagos del Ministerio de Transportes.

[24]​ En marzo de 2017 se acogió a una reorganización judicial con base en la ley chilena n.º 20 720.

[29]​[30]​ En febrero de 2018 la empresa presentó sus argumentos para sostener la demanda en contra del Estado chileno.

Además, indicaron que Chile les impidió el buen funcionamiento de la compañía, esto a través de no implementar una infraestructura adecuada o controlar la alta evasión del pasaje.

Por su parte Chile mantuvo su postura indicando que Alsacia mantenía un sobreendeudamiento, una estrategia financiera deficiente y pagos injustificados a empresas relacionadas.

En su fallo concluyó que la nación sudamericana no cometió ninguna violación al tratado de libre comercio suscrito con Colombia.

En la instancia se informó que los servicios serían transferidos a otros operadores del sistema.

[38]​ El 26 del mismo mes los servicios 111, 113/c/e, 119, 121, 125 y 126 son transferidos hacia Buses Vule.

Este traspaso correspondió al tercero desde fin del contrato de Alsacia con Transantiago.

Correspondiente al último traspaso esta empresa quedó sin recorridos completándose así el término del contrato con Transantiago.

[42]​ La empresa contaba con 7 depósitos para su flota, ubicados en lugares estratégicos para la operación de sus servicios.

Posteriormente, en 2008 la empresa adquirió 41 buses articulados Marcopolo Gran Viale en chasis Volvo B9 SALF.

A estos se suman dos vehículos modelo Marcopolo Gran Viale en chasis Volvo B9 SALF, con el fin de sustituir un bus destruido que quedó en Avenida Departamental en 2009.

En el año 2012, adquiere en el remate de la empresa Las Araucarias 34 buses rígidos Caio Mondego L en chasis Agrale MT 12.0 LE.

Estos buses fueron comprados por dicha empresa para la Zona G. En el mismo período su filial Express de santiago Uno le transfiere 56 buses Marcopolo Gran Viale en chasis Volvo B9 SALF y 6 Marcopolo Gran Viale en chasis Volvo B7RLE, para la operación de los servicios 408 y 410.

La flota de buses que poseía estaba compuesta de la siguiente manera: Inversiones Alsacia durante su existencia ha operado diferentes recorridos, los cuales pertenecieron a las Micros amarillas y actualmente al Transantiago.

[43]​ Durante esta etapa del sistema Transantiago, específicamente en las fases 1A, 1B y 1C, la empresa adquirió de forma paulatina los recorridos que le fueron asignados.