Respecto a la primera entrega para PlayStation, ISS Pro 98 introdujo mejoras en la jugabilidad y retoques gráficos.
[1] El juego introdujo nuevos torneos y modos, que marcaron el desarrollo de la saga en títulos posteriores.
En ese sentido, se pueden elegir hasta 40 selecciones, con ocho nuevas incorporaciones, y el juego cuenta con todos los participantes del Mundial de 1998.
Utiliza el mismo motor gráfico y menús que ISS Pro 98, pero está adaptado al mercado japonés como el juego oficial de la J. League, liga profesional del país.
En los amistosos se podía elegir por primera vez equipación, y añadir una prórroga con penaltis o gol de oro.
Para dar más realismo, se incluyeron repeticiones de las mejores jugadas durante el partido, algo que en anteriores versiones sólo podía verse con los goles.