Estuvo prisionero en España y de ahí viajó a su natal Alemania.
Años después inició una travesía para llegar al nuevo mundo en su afán por evangelizar, por o que en 1954, viajó a Génova con destino a Cádiz donde estudió español y aprendió técnicas de las experiencias de evangelizadores experimentados que y había estado antes en la Nueva España.
Se embarcó en 1755 con destino a nuevo mundo, con otros compañeros, que a la postre se regresó con ellos ante la proceso de expulsión siendo ellos Joseph Och, Michael Gerstner y Bernhard Middendorf.
Middendorf se quedó en Puebla, Och en San Ignacio y Pfefferkorn en el Sáric.
Se dieron cuenta de que la población y feligresía tenía disminución.
José Tienda de Cuervo había conocido cinco años antes al Padre Pfefferkorn y sus compañeros jesuitas cuando desembarcaron.
Así que Tienda del Cuervo escribió la orden militar como Capitán de la zona.
[4] Felipe el fuerte gobernador Tohono O´odham falleció y la esabilidad de los indígenas en las misiones, se debilitó por lo que se dispersaron en la zona, bajando la feligresía en las misiones de la zona como eran Guevavi, Tumacácori y San Xavier del Bac.
Fue reasignado a Cucurpe, en diciembre de 1763, donde continuó sirviendo y acumulando material para su libro.
Escribió sobre los detalles de su viaje al Nuevo Mundo con sus compañeros Francisco Hlava, Miguel Gerstner, Bernardo Middendorf y Joseph Och.
Ignacio Pfefferkorn dice:“Las hojas de mezcal son infalibles contra el escorbuto… No se encuentra mejor remedio para curar las heridas… reforzando el estómago, estimula el apetito y es bueno como digestivo.
Por lo tanto, estos pueblos los quieren mucho y, prácticamente, constituyen el alimento básico diario, para los apaches, en cuyo país crece mejor el mezcal que en Sonora” El padre Pfefferkorn también describe lo siguiente:"En conjunto, Sonora es una región bendita.
Muchas plantas que han sido introducidas de Europa crecen excelentemente allá y podrían prosperar mucho más si hubiera gente que se aplicara a sus cultivos con diligencia y trabajo.
Debido a esto Sonora tiene las condiciones más favorables y convenientes para una industria ganadera considerable y por espacio de unos treinta años ha mantenido multitud de animales durante el año entero en sus magníficos pastos.