La misión también es conocida como "el lugar donde el agua aparece" en referencia al río Santa Cruz que corre de manera subterránea.

La misión fue fundada en 1699 por el misionero jesuita Eusebio Francisco Kino, quien a menudo visitaba y predicaba en el área.

El interior está lujosamente decorado con ornamentos, mostrando una mezcla artística indígena y de la Nueva España.

En 1822 cayó bajo la jurisdicción del gobierno mexicano independizado recientemente y la Diócesis Católica de Sonora.

Extensos trabajos de restauración y construcción han logrado que el baluarte histórico siga en servicio.

El hormigón, estuco añadido en los años '80 para atrapar el agua que dañó la decoración interior, está siendo sustituido por el tradicional yeso de barro.