Según la tradición, la construcción se completó bajo la dirección de fra Giovanni degli Eremitani.
El edificio, un ejemplo extraordinario del estilo "clasizante" que se desarrolló en Padua durante la época comunal, conserva destacadas obras de arte, incluidas las primeras obras pictóricas de Andrea Mantegna.
En su interior descansan, entre otros, los restos del caballero Zanino da Peraga, Ilario Sanguinacci, Jacopo da Forlì, el humanista Marco Mantova Benavides, la noble Vittoria Accoramboni, el médico y biólogo Antonio Vallisneri, la cantante y compositora Barbara Strozzi.
Aquí Enrique III de Valois fue recibido en su viaje camino a Francia para ceñirse la corona (1574) y más tarde san Francisco de Sales vino aquí a rezar, cuando era un estudiante universitario, desde la cercana Via Zabarella donde residía.
La iglesia fue reabierta al culto en 1808 y el conjunto del claustro fue reconvertido en cuartel militar (caserma Gattamelata).
[4] La larga nave de la iglesia desemboca en el coro, flanqueada por dos estrechas capillas ábsidiales que no se proyectan hacia el exterior.
En la parte baja se puede ver a la Madonna in trono con Santi ed un offerente [Virgen entronizada con los santos y un oferente], que podría ser el noble alemán Enrico Spisser, en ese momento al servicio de los Carraresi.
La actividad pictórica de Guariento en el ábside principal se remonta estilísticamente a los años 1361-1365.
Una serie de eventos fortuitos hicieron que Mantegna completase solo la mayor parte del trabajo.