La actual infraestructura es la quinta edificación del templo, el cual ha sido destruido por ataques piratas en la época colonial e incendios a lo largo de toda la historia guayaquileña.

[1]​ En 1574 la orden decidió edificar una iglesia en las faldas del cerro de Santa Ana.

Por disposición del cabildo la orden tenía que trasladarse al nuevo asentamiento que se levantaría en Puerto Cazones, pero no obedecieron y se mantuvieron en su lugar original y a inicios del siglo XVIII reconstruye su templo.

[3]​ La iglesia de Santo Domingo se encuentra ubicado en las faldas del Cerrito Verde (actual cerro Santa Ana), en la avenida Rocafuerte y calle General Vernaza.

la iglesia se encuentra contigua a una plazoleta de eventos culturales denominada Plaza Colón.