Inicialmente fue construida de madera, sin embargo, tras los continuos incendios que sufrió Guayaquil, tuvo varias remodelaciones hasta obtener su actual estructura.

Es el tercer templo católico más antiguo de la ciudad.

[2]​ En 1600 se fundó el convento de San Francisco con un templo el cual era asistido por dos sacerdotes ubicándose en un solar contiguo al puerto de la Marina.

Este convento se quemó en 1683, aunque en lo posterior fue reconstruido, pero tras los muchos ataques de piratas a la ciudad se volvió a quemar, entonces en 1692 un Cabildo Abierto se reunió con los franciscanos para elegir un nuevo sitio y volver a edificarlo y fue elegido el sitio de la plazuela de Don Francisco Solís.

[3]​ La Orden Franciscana se trasladó a Ciudad Nueva y construyó un convento en la parte más alejada del poblado en 1702.