La arquidiócesis tiene 2292 km² y extiende su jurisdicción sobre los fieles católicos de rito latino residentes en el cantón Guayaquil en la provincia del Guayas, excepto las parroquias civiles rurales de Juan Gómez Rendón (Progreso), Morro, Posorja, Puna y Tenguel.

La arquidiócesis tiene como sufragáneas a las diócesis de: Babahoyo, Daule, San Jacinto y Santa Elena.

En 2022 en la arquidiócesis existían 164 parroquias agrupadas en 5 vicarías zonales: Norte, Noreste, Centro, Sur y Suroeste.

Otras congregaciones eclesiásticas también llegaron al poblado, dando como resultado la edificación de numerosos templos en el sector denominado como La Planchada.

En 1865 el presidente Gabriel García Moreno comunicó al obispo Aguirre que su auxiliar Luis de Tola y Avilés no podía salir de la ciudad «porque su conducta [...] manifiesta su adhesión a los implacables enemigos del orden, la propiedad, la Religión y el Gobierno».

[3]​ En 1888 el obispo del Pozo fue suspendido por la Santa Sede por motivos nunca aclarados, pero ciertamente políticos.

Partió al exilio voluntario a Lima y luego a Chile, mientras la sede de Guayaquil, considerada ya entre las más importantes del país, permaneció administrada por un administrador apostólico.

[7]​ César Mosquera Corral, quién se desempeñaba como obispo de Guayaquil, fue elevado a arzobispo metropolitano.