Esta nueva iglesia data del siglo XVI y posee un estilo renacentista propio de Castilla.
La capilla duró hasta el año 1266 en que Alfonso X el Sabio otorgó a las monjas del monasterio un privilegio rodado en el que aparte de otorgarles el gobierno del Señorío de la villa, se las construía una iglesia adyacente al monasterio.
También la espadaña, pues sin ella la iglesia no tendría campanas.
En el ático se muestra un calvario atribuido a la escuela de Gregorio Fernández y al igual que en la pedrala hay una serie de santos y santas.
Ésta posee el mausoleo del Padre Manuel Suárez, O.P, promotor de la construcción del convento de Caleruega junto al Padre Venancio D. Carro, O.P.