Aunque su fundación data del siglo XVI, el edificio actual fue construido a finales del siglo XVII y reconstruido a principios del siglo XVIII.
Después de la conquista de México, la ciudad se dividió políticamente en tres partes: La traza, que era exclusivamente para españoles y las parcialidades indígenas de Santiago Tlatelolco al norte y San Juan Tenochtitlán, la cual rodeaba la traza y se dividía en 4 barrios que se denominaron Santa María Cuepopan, San Pablo Zoquipan, San Sebastián Atzacoalco y San Juan Moyotla.
La fundación de estas capillas se atribuye según la tradición franciscana a Fray Pedro de Gante,[1] aunque también otras fuentes atribuyen su fundación a Hernán Cortés o la Segunda audiencia.
[2] A finales del siglo XVII fue necesario construir una nueva iglesia, la cual se concluyó en 1677 y se reconstruyó en 1731 y 1735, en estilo barroco.
La rotonda fue construida de manera que logra diferentes efectos de luz en el trascurso del día, lo que constituye una intención estética del barroco, la nave cuenta con poca luz y el ábside contrasta como un espacio bien iluminado gracias a los óculos en la bóveda.