En 1522, a raíz de la iconoclasia iniciada por Andreas Karlstadt, casi toda la decoración interior fue destruida y eliminada, dejando el Judensau medieval (escultura que muestra a una cerda con judíos) que todavía se conserva en el exterior del muro sur.
En su regreso a Wittenberg, desde el castillo de Wartburg, Lutero predicó sus famosos sermones Invocavit en la Stadtkirche.
A pesar de la guerra, un retablo del pintor Lucas Cranach el Viejo fue desvelado en la iglesia.
A esto le siguió una ampliación del extremo oriental y el "Ordinandenstube" adyacente.
La iglesia fue restaurada totalmente en 1928 y 1980-1983 así como desde 2010 para estar lista para la celebración del Quinto centenario de la Reforma en 2017.